Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên được xem là vị chúa đầu tiên xây dựng cơ nghiệp Đàng Trong của nhà Nguyễn với ý chí cương quyết, tạo nên một xứ Đàng Trong độc lập, tự chủ. Ông đã chỉnh đốn việc cai trị, củng cố quốc phòng, biết dùng người tài để chăm lo việc nước nên nhân dân được an cư lạc nghiệp. Ngoài ra, ông còn đẩy lui được các cuộc tấn công của chúa Trịnh ở Đàng Ngoài.[1]

Ông đã tạo nên một nền ngoại thương hàng hải mạnh, với thương cảng Hội An trở thành thương cảng chính không chỉ của Đàng Trong mà trên toàn khu vực tương đương với Việt Nam và Đông Nam Á hiện nay.

Ông cũng được xem là nhân vật có vai trò then chốt trong cuộc nội chiến Trịnh – Nguyễn, một cuộc nội chiến ác liệt, kéo dài và không phân thắng bại; nó tiêu hủy sức người, sức của, và dẫn đến chia cắt sự thống nhất của quốc gia Đại Việt. Nhưng chế độ Đàng Trong của chúa Nguyễn đã thực thi những chính sách cai trị cách tân, khác với Đàng Ngoài, lúc đó đang theo xu hướng hoài cổ Nho giáo thời Lê sơ, kìm hãm sự phát triển của xã hội. Về mặt khách quan, cuộc nội chiến có lợi cho xu thế phát triển của lịch sử dân tộc.